Los primeros pobladores de lo que hoy es Kirguistán de los que se tiene noticia eran los clanes de guerreros sacas (escitas). Ricas reliquias de oro y bronce han sido recuperadas de túmulos funerarios que se remontan al periodo que va del s. VI a.C. al V d.C. A partir de entonces, la región estuvo bajo el control de varias alianzas túrquicas y el grueso de su población vivía a orillas del lago Issyk-Köl. El valle de Talas fue escenario de una crucial batalla en el 751, en la que los turcos y sus aliados árabes y tibetanos expulsaron a un numeroso ejército chino Tang de Asia central.
Los refinados karajánidas túrquicos gobernaron entre los ss. IX y XI, inculcando el islam como credo generalizado desde múltiples centros urbanos, como Balasagun (donde se alza hoy la solitaria torre Burana) y Uzgen (Özgön), en el extremo del valle de Ferganá.
Los antepasados de los kirguises actuales probablemente vivieron en la cuenca superior del Yeniséi, en Siberia, hasta al menos el s. X. Entonces, forzados por las incursiones mongolas, comenzaron a emigrar hacia el sur hasta las Tian Shan, en especial tras la ascensión de Gengis Kan en el s. XIII (de hecho, el actual Kirguistán formaba parte de la herencia de Chaghatai, su segundo hijo).
En 1685, la llegada de los despiadados oirates mongoles del imperio de Zungaria empujó a muchos kirguises hacia las regiones sureñas de Ferganá y Pamir Alay y al actual Tayikistán. En 1758, su derrota a manos de los manchúes de la dinastía Qing dejó a los kirguises como súbditos de facto de los chinos, que por lo general los dejaron seguir con suforma de vida nómada.
A medida que los rusos se aproximaban durante el s. XIX, varios líderes de clanes kirguises firmaron tratados de paz con Rusia o el vecino kanato de Kokand. Bishkek (reducida entonces al fuerte de Pishpek) cayó en 1862 en manos de un ejército combinado rusokirguís. Los kirguises fueron paulatinamente abocados a las provincias zaristas de Ferganá y Semireche, y durante las décadas posteriores no dejaron de llegar colonos rusos. En 1916, el Ejército Imperial ruso intentó convertir a los varones kirguises en mano de obra no combatiente, en el marco de la movilización de la I Guerra Mundial. El resultado fue una revuelta aplastada con tal brutalidad que se saldó con más de 120 000 víctimas, casi una sexta parte de los kirguises del imperio.
Un número parecido huyó a China en lo que se dio a conocer como el Gran Urkun (éxodo). Minimizados por los dirigentes rusos hasta la caída de la URSS, estos hechos no han sido nunca reconocidos del todo, pese a la ofrenda floral que el presidente Putin hizo en el 2016 en el Complejo Conmemorativo Ata-Beyit, con motivo del centenario del éxodo.
Tras la revolución rusa, en 1918 el territorio kirguís pasó a formar parte de la RASS (república autónoma socialista soviética) de Turkestán (integrada en la Federación Rusa), se transformó en provincia autónoma (óblast) kara-kirguís en 1924 y, finalmente, en RASS kirguís en febrero de 1926, convertido en república socialista soviética (RSS) en diciembre de 1936, cuando la región tomó el nombre de RSS de Kirguistán.
Durante las reformas agrarias de los años veinte, muchos nómadas se asentaron en el territorio, y muchos más fueron obligados a hacerlo durante la cruel campaña de colectivización de la década de 1930, lo que motivó la reactivación de un alzamiento por parte de los basmachi, guerrilleros musulmanes. Numerosos miembros de la nueva élite kirguís murieron durante las purgas de Stalin.
El remoto Kirguistán era un lugar ideal para las minas secretas soviéticas de uranio (en Mayluu-Suu, sobre el valle de Ferganá, Ming-Kush, en el interior y Kadji-Sai, en el lago Issyk-Köl) y los programas de armamento naval (en el extremo oriental del Issyk- Köl). El país aún se enfrenta a los problemas medioambientales generados durante esa época.
La localidad de Chon-Tash, a 10 km del pueblo de Kashka-Suu, oculta un oscuro secreto. Una noche de 1937, los integrantes del gobierno soviético kirguís, casi 140 personas, fueron reunidos, trasladados hasta allí y fusilados; sus cuerpos fueron arrojados a un horno de ladrillos abandonado. En la década de 1980 no quedaba nadie vivo que tuviera conocimiento de estos hechos y, además, el lugar había sido reconvertido en una estación de esquí. No obstante, un vigilante que había sido testigo de los crímenes, y que había jurado guardar el secreto, se lo reveló a su hija en su lecho de muerte, y ella esperó la llegada de la perestroika para informar a la policía.
En 1991 los restos se trasladaron a una fosa común situada al otro lado de la carretera, en lo que hoy se conoce como Complejo Conmemorativo Ata-Beyit, donde se alza un modesto monumento, se dice que financiado por el escritor kirguís Chinghiz Aitmatov, cuyo padre quizá fuera una de las víctimas. Los restos del horno se hallan acotados en una zona próxima.
Las elecciones al Soviet Supremo (Asamblea Legislativa) kirguís de febrero de 1990 se celebraron al más puro estilo soviético, y el Partido Comunista Kirguís (KCP) obtuvo la práctica totalidad de los escaños. Tras múltiples votadores, Askar Akaev, físico y presidente de la Academia Nacional de la Ciencia y candidato de consenso, fue elegido presidente. El 31 de agosto de 1991, el Soviet Supremo kirguís votó a su pesar declarar la independencia del país; fue la primera república de Asia central en hacerlo. Seis semanas más tarde, Akaev fue reelegido sin oposición.
La tierra y la vivienda estaban en el origen de los brotes de violencia étnica que estallaron entre kirguises y uzbekos en Osh y Uzgen, zona esta de mayoría uzbeka incorporada a Kirguistán en la década de 1930, y que provocó al menos 300 víctimas en 1990.
Al principio, Akaev se ganó fama de reformista convencido, reestructuró el aparato ejecutivo para satisfacer sus políticas de corte liberal y medidas económicas, y promovió reformas consideradas radicales en las repúblicas de Asia central.
A finales de los años noventa, el país se enfrentaba a una nueva amenaza: los radicales islámicos y el terrorismo. En 1999 y en el 2000, militantes del Movimiento Islámico de Uzbekistán (IMU, con base en Tayikistán) secuestraron impunemente a varios trabajadores y alpinistas extranjeros en la provincia de Batken. Las fuerzas de seguridad contuvieron la amenaza, y los líderes del movimiento sucumbieron ante los bombardeos estadounidenses en Afganistán.
Al comienzo de la década del 2000, las credenciales democráticas del país volvían a ser cuestionadas ante la creciente corrupción, nepotismo y malestar de la población. Las elecciones parlamentarias del 2005 estuvieron plagadas de acusaciones de acoso y censura gubernamental. En Jalalabad, los manifestantes asaltaron edificios gubernamentales y el descontento no tardó en extenderse a Osh y Bishkek. El 24 de marzo la relativamente pacífica Revolución de los Tulipanes logró derrocar al Gobierno entre episodios de saqueo y vandalismo. El presidente Akaev huyó en helicóptero a Kazajistán y después, a Moscú; tras su dimisión, ejerció como profesor universitario. En julio del 2005 se celebraron nuevas elecciones: Kurmanbek Bakiev, ex primer ministro y líder de la oposición, obtuvo una victoria arrolladora.
El primer mandato de Bakiev no fue un lecho de rosas, y el presidente no tardó en enfrentarse a las mismas críticas de corrupción y abuso de poder que recibió su predecesor. Las manifestaciones multitudinarias del 2006 y 2007 le obligaron a limitar su poder presidencial. Sus promesas de paz y seguridad fracasaron asimismo tras el asesinato de tres diputados a finales de la década del 2000.
Bakiev obtuvo la reelección en julio del 2009, entre acusaciones generalizadas de fraude electoral y censura mediática. Los votantes, incapaces de derrocarle con los votos, recurrieron a un método infalible para deponer a los líderes nacionales: la revolución. El 6 y 7 de abril del 2010, multitud de opositores se concentraron en Talas y Bishkek. Lo que iba a ser una manifestación antigubernamental derivó en altercados en ambas ciudades. Las fuerzas de seguridad se vieron sobrepasadas y los manifestantes asaltaron las sedes del Gobierno. Al final del día, los disturbios se saldaron con 88 víctimas mortales y más de 500 heridos.
Bakiev huyó, primero al sur del país; luego, a Kazajistán y finalmente, a Belarús. La oposición nombró un gobierno provisional con Roza Otombayeva a la cabeza. Aunque muchos en Bishkek vieron la caída de Bakiev como un avance en la guerra contra la corrupción, su destitución causó graves reacciones en el sur del país, donde los políticos locales veían en los cambios un intento por debilitar su posición. Cuando una milicia local leal a Bakiev, formada en parte por la minoría uzbeka, tomó el poder en Jalalabad, el resultado fueron los desórdenes que culminaron en junio del 2010 en los disturbios de Osh. Aunque las circunstancias exactas siguen siendo muy polémicas, hubo más 400 víctimas mortales (el 74% uzbekos) y más de 100 000 uzbekos huyeron, al menos temporalmente, a Uzbekistán.