El aeropuerto de Narita (成田空港, NRT; 0476-34-8000; www.narita-airport.jp; ), 66 km al este de Tokio, tiene tres terminales; las aerolíneas de bajo coste operan en la 3. Todas disponen de mostradores de información turística.
Más cerca del centro de Tokio, el aeropuerto de Haneda (羽田空港, HND; terminal internacional 03-6428-0888; www.haneda-airport.jp; ) tiene dos terminales nacionales y una internacional. Algunos vuelos internacionales llegan a horas intempestivas, cuando el único transporte público hasta el centro son los autobuses nocturnos, con servicios poco frecuentes, y los taxis.
La estación de Tokio (東京駅; www.tokyostationcity.com; 1-9 Marunouchi, Chiyoda-ku; líneas JR hasta estación de Tokio) es la terminal de los shinkansen, los trenes bala que conectan Tokio con las ciudades principales de todo Japón. Desde allí se puede hacer transbordo a las líneas de Chūō y JR Yamanote y a la de metro de Marunouchi.
Toei (www.kotsu.metro.tokyo.jp/eng/services/bus.html) gestiona una extensa red de autobuses, pero casi nunca resultan más prácticos que el metro.
Dos compañías, Tokyo Cruise Ship (水上バス, C3) Suijō Bus; 0120-977-311; http://suijobus.co.jp) y Tokyo Mizube Cruising (東京水辺ライン; 03-5608-8869; www.tokyo-park.or.jp/waterbus), operan autobuses acuáticos que surcan el Sumida-gawa (río Sumida). Los billetes pueden comprarse, en función de la disponibilidad, antes de la salida en cualquier muelle.
Tokio no es ideal para ir en bicicleta, pero aun así se ven ciclistas por todas partes.
Algunos alojamientos facilitan bicicletas, unas veces gratis y otras cobrando una pequeña cantidad. Para moverse por los barrios de Ueno y Yanesen, lo mejor es acudir a Tokyobike Rentals Yanaka ( 03-5809-0980; www.tokyobikerentals.com; 4-2-39 Yanaka, Taitō-ku;1er día 3000 ¥, día adicional 1500 ¥;10.00-19.30mi-lu;línea JR Yamanote hasta Nippori, salida oeste). En Yurakuchō, Muji (無印良品;03-5208-8241; www.muji.com/jp/flagship/yurakucho/en; 3-8-3 Marunouchi, Chiyoda-ku; 10.00-21.00; línea JRYamanote hasta Yūrakuchō, Kyōbashi exit) alquila bicicletas (1080 ¥/día; 10.00-20.00; se exige pasaporte).
La amplia red ferroviaria de Tokio incluye varias líneas de JR, el metro y líneas de cercanías privadas que salen en todas direcciones. Los trayectos que exigen transbordos entre líneas de diferentes operadores cuestan más que los viajes entre líneas que gestiona uno solo. Entre los núcleos principales de transporte se cuentan las estaciones de Tokio, Shinagawa, Shibuya, Shinjuku, Ikebukuro y Ueno.