Uganda no puede competir con Kenia o Tanzania en cantidad de fauna, pero con 500 especies de mamíferos tiene una buena diversidad. Hay muchas posibilidades de ver los clásicos africanos, como leones, elefantes, jirafas, leopardos, hipopótamos, cebras, hienas y, en el norte, guepardos y avestruces. Además, con la creación de la Reserva de Rinocerontes Ziwa, ya no falta ningún gran mamífero.
Pero el principal atractivo son los gorilas de montaña. Uganda acoge más de la mitad de la población mundial y verlos en su entorno natural es uno de los puntos culminantes de la visita. Además, en el país hay muchos chimpancés y abundan los lugares donde observarlos. Con más de 1000 especies registradas en su pequeño territorio, Uganda es uno de los mejores destinos del mundo para avistar aves.